Lange Zeit blieb Moosburg vom 1618 ausgebrochenen Dreißigjährigen Krieg unberührt. Ab 1632 geriet die Stadt jedoch unmittelbar in die Wirren des großen Krieges, als die Schweden zur Unterstützung der Protestanten nach Süden zogen, um mit Bayern und Österreich die Zentren der katholischen Liga anzugreifen.