Lange Jahre war er als Schulgeistlicher am Gymnasium tätig, gründete den ersten FC-Bayern-Fanclub einer Schule und begleitete viele Generationen an Schüler von der 5. Klasse bis zum Abitur. Seit 2015 ist Dr. Franz Bauer nun nicht mehr an der Schule tätig, sondern lebt in Regensburg. 40 Jahre war er im Schuldienst umgeben von blühendem, vitalem Leben, jetzt in der Pension ein krasser Kontrast, umgeben von verwelkendem und mit dem Tod ringendem Leben. Er ist als Subsidiar Krankenhausseelsorger in Rufbereitschaft auf den Intensivstationen in den Kliniken in Regensburg, speziell am Universitätsklinikum.