Seit vielen Jahren setzt sich der Landkreis bereits für den Schutz der heimischen Pflanzen und Tiere sowie ihrer Lebensräume ein. Verschiedenste Naturschutzprojekte werden hierzu umgesetzt. Das größte Naturschutzgebiet der sechs vorhandenen im Landkreis ist das "Vilstal bei Marklkofen". Auf einer Fläche von 172 Hektar ist hier eine große Artenvielfalt anzutreffen. Aufgrund des großen Naturwertes ist es seit 2008 sogar als europäisches "Natura 2000 Schutzgebiet" anerkannt.